Từ thời các chúa Nguyễn, Huế đã từng được chọn làm thủ phủ xứ Đàng Trong: năm 1635-1687 Nguyễn Phúc Lan, Nguyễn Phúc Tần dựng phủ ở Kim Long; đến thời Nguyễn Phúc Thái, Nguyễn Phúc Khoát đã dời phủ về Phú Xuân trong những năm 1687-1712; 1739-1774. Đến thời Tây Sơn, Huế vẫn được vua Quang Trung chọn làm thành kinh đô cho vương quốc của ông. Năm 1802, khi Nguyễn Phúc Ánh lên ngôi hoàng đế, mở đầu cho vương triều Nguyễn kéo dài suốt 143 năm, một lần nữa lại chọn Huế làm nơi đóng đô.

Kinh thành Huế được xây dựng theo kiến trúc Vauban. [cần dẫn nguồn] Kinh thành Huế có 3 vòng thành lần lượt là Kinh thành, Hoàng thành và Tử Cấm Thành. Ngay sau khi lên ngôi, Gia Long đã tiến hành khảo sát chọn vị trí xây thành mới, cuối cùng ông đã chọn vùng đất rộng bên bờ bắc sông Hương gồm phần đất của các làng Phú Xuân, Vạn Xuân, Diễn Phái, An Vân, An Hoà, An Mỹ, An Bảo, Thế Lại cùng một phần của hai con sông Bạch Yến và Kim Long làm nơi xây thành[1]. Về mặt phong thuỷ, tiền án của kinh thành là núi Ngự Bình cao hơn 100 mét, đỉnh bằng phẳng, dáng đẹp, cân phân nằm giữa vùng đồng bằng như một bức bình phong thiên nhiên che chắn trước kinh thành. Hai bên là Cồn Hến và Cồn Dã Viên làm tả Thanh Long, hữu Bạch Hổ (rồng xanh bên trái, hổ trắng bên phải) làm thế rồng chầu hổ phục tỏ ý tôn trọng vương quyền. Minh đường thủy tụ là khúc sông Hương rộng, nằm dài giữa hai cồn cong như một cánh cung mang lại sinh khí cho đô thành[2]. Kinh thành Huế được đích thân Gia Long chọn vị trí và cắm mốc, tiến hành khảo sát từ năm 1803, khởi công xây dựng từ 1805 và hoàn chình vào năm 1832 dưới triều vua Minh Mạng. Trong lịch sử Việt Nam thời cận đại, công trình xây dựng Kinh Thành Huế có lẽ là công trình đồ sộ, quy mô nhất với hàng vạn lượt người tham gia thi công, hàng triệu mét khối đất đá, với một khối lượng công việc khổng lồ đào hào, lấp sông, di dân, dời mộ, đắp thành... kéo dài trong suốt 30 năm dưới hai triều vua[3].

Sau năm 1945, chiến tranh loạn lạc, trong nội thành không ai quản lý, người dân vào sống men theo tường Kinh thành và khu vực Eo Bầu. Lâu dần, nơi đây hình thành cụm dân cư. Người dân nghèo lấn chiếm bề mặt Thượng Thành, Eo Bầu dựng nhà và trồng hoa màu. Hiện có 4.200 hộ dân với khoảng 15000 người dân thuộc 7 phường của thành phố Huế đang sống và canh tác trong khu vực này. Việc người dân lấn chiếm đất Kinh thành dựng nhà trú ngụ trên Thượng Thành, xả rác, nước thải sinh hoạt... đã làm cho nền đất ngày càng lún sâu, nứt hỏng nhiều chỗ.

Năm 2019, Thừa Thiên Huế khởi động Đề án “Di dời dân cư, giải phóng mặt bằng khu vực I hệ thống di tích Kinh thành Huế thuộc Quần thể di tích Cố đô Huế”. Đề án thực hiện trong 6 năm, từ năm 2019 đến năm 2025 với kinh phí hơn 4.000 tỷ đồng. Theo đó, người dân sống ở khu vực I di tích Kinh thành Huế đồng ý ra đi vào các khu tái định cư, trả lại không gian xưa cho Di sản Văn hóa Thế giới.[4]